全园现有事业编制110个，共设11个部门和2个园属公司，包括综合部、人事教育部、财务资产部3个管理部门；植物保育研究所、城市生态研究所、花卉研究所、资源植物研究所、园林景观研究所5个科研部门；园艺中心、自然教育中心、资源环境保护中心3个支撑部门；旅游公司、园林公司2个园属公司。2009年、2018年，湖南省林业局先后批准南岭植物园和怀化植物园成为我园分园。2018年、2019年、2022年成立了八大公山、城步南山、大围山植物学研究站，作为近地保育场所。此外，湖南省花卉协会、湖南省野生动植物保护协会也归口在我园统一管理。